秦敖(刘小锋 饰)放走了雅德利(山鹰 饰),破坏了黑龙会把SQ4传播到重庆各处的计划。 郭仲衡(涂中如 饰)逃到黑龙会,向头目表达自己对秦敖的疑惑。而此时的秦敖正要摧毁日军的军火库,那里保存着大量SQ4制造的病毒弹。陆涯(董勇 饰)和扈渝雯(汪芫 饰)及时赶到,协助秦敖击败了黑龙会和郭仲衡,摧毁了SQ4病毒弹。 但是郭仲衡并没有死,他杀死了留下的秦敖,并企图用感染病毒的自己将SQ4传播到重庆市区。陆涯发现了这一切,紧急寻找郭仲衡,希望能阻止他的疯狂行为。 通过蛛丝马迹,陆涯在自来水厂找到郭仲衡,郭仲衡企图污染水源,关键时刻郭仲衡病毒发作,为了整个城市的安全,陆涯和郭仲衡一起投进了火海。 1945年,日本宣布无条件投降,黑室作为一个抗日的秘密机构,永远成为了历史。