正在追捕持枪袭击宝石店强盗二人组的浅轮直树(井之原快彦 饰)，现在是涉谷中央署的刑事课主任。突然，奔跑的直树面前出现了一个年轻男子，两人撞到在地，男子羡慕地看着直树，向他介绍说自己是新宿中央署的新藤亮(山田裕贵 饰)，并和直树一起开始追捕犯人。看见犯人逃进了一处购物街的直树，向着那边缓缓接近着。一位偶然来到购物街的男客人，远远地注意着想要在不波及到普通客人情况下抓捕犯人的直树。不出一会儿，在那位男人的帮助下，直树成功抓捕到了抢劫犯。当直树为此表示感谢时，那位男人留下“应该保护的是弱者。这是基本吧”这样一句莫名其妙的话便离开了。第二天，正在和已经成为他妻子的伦子聊天的直树，突然接到了警视厅人事科过来的电话，让他直接到警视总监办公室。到警视总监办公室后直树被告知，警视厅将组建一支从初步调查到检查工作都全权负责不被束缚的独立小组——“特别调查组”。在见到被任命的组长宗方朔太郎(寺尾聪 饰)时，直树吃了一惊。原来这位宗方就是昨天在购物街逮捕强盗时立下大功的男人。宗方似乎就是因为看到直树的行动，才指名要他加入的。立即被派往特搜班办公室的，还只有宗方和直树二人。不仅如此，宗方还因为“育儿优先”，扔下直树一个人就回去了。被宗方要求召集特搜班成员的直树，立马就跟小宫山志保(羽田美智子 饰)取得了联系，却被她以“没法好好干了吧？”的理由拒绝了，而村濑也没有接他的电话。只有矢泽一个人接到了他的消息，还在矢泽那里得知了青柳辞职的事。直树和矢泽决定一同前去找青柳谈话，却只得到了青柳“即使回去了也只是在重复一样的事情而已吧？”的回复。可能是因为觉得直树太可怜，矢泽向他承诺了自己会加入特搜班。就在此时，从东中野署的村濑那里发来了特搜班的出动请求。事件发生在绳文陶器的发掘现场，在现场发现了本科讲师野村美穗的尸体。因为旁边掉落了一个疑似含有氰酸性毒物的瓶子，警视厅搜查一课判断为服毒自杀，就将后续处理交给了村濑，但村濑似乎不能认同这个看法。到达现场的直树观察了现场的情况，同样对自杀的判断抱有疑问，并请真澄对死者进行解剖。在现场，真澄还叫来了志保一起参与。到最后，志保和村濑还是变成了特搜班的应援，直树和矢泽一起进行着精湛的团队合作调查。此外，宗方虽然并没有很积极地参与行动，却也接触到了案件的核心。从此开始，直树和其他人逐渐向警察组织的黑暗面接近。